El Proyecto Golfo de Honduras busca contribuir a revertir la degradación de los ecosistemas marinos y costeros, intensificando el control y la prevención de la contaminación originada por el transporte marítimo en los principales puertos y rutas de navegación, mejorando la seguridad de la navegación para evitar los encallamientos y derrames y reducir el ingreso de contaminantes provenientes de fuentes de contaminación terrestre a las áreas costeras y marinas adyacentes dentro del Golfo de Honduras.